Por otra parte habrá una mejora en la explotación orientada al cliente en la estación de Logroño y sus dependencias, una mejora de la seguridad con la adecuación del esquema de vías para tecnología punta en sistemas de conducción automática de trenes, además del inicio de la creación de un nuevo centro urbano en los terrenos que libera toda la actuación ferroviaria, mediante el soterramiento y la construcción de la nueva estación.